V současné době na jeho pracovištích působí více než 50 odborných a vědeckých pracovníků a kolem 20 lidí ve specializovaných funkcích jako bibliografové, knihovníci, techničtí redaktoři, asistenti, grafici a tiskaři.

Badatelský program Historického ústavu je pro léta 2005-2010 vymezen výzkumným záměrem Český dějinný prostor v evropském kontextu. Témata výzkumného záměru jsou soustředěna převážně na problematiku českých a československých dějin od 9. do poloviny 20. století. Sloučením s částí bývalého Ústavu dějin střední a východní Evropy ČSAV v roce 1993 získal Historický ústav badatelské zázemí také v oblasti světových dějin.

Historický ústav dále zajišťuje vydávání profilových časopisů Český časopis historický a Slovanský přehled a řady oborových periodik a poskytuje ediční, bibliografické, knihovní a komunikační služby vědecké veřejnosti.

Součástí Historického ústavu je knihovna o cca 250 000 svazků a Nakladatelství Historický ústav, které ročně produkuje kolem 14 titulů.